Arathus pyrkii määrätietoisesti Mioksen kirkon suosioon ja ottaa arkkipiispalta saamansa tehtävän vastaan. Kaikkia seurueesta päätös ei kuitenkaan miellytä, eikä matka suju niin ruusuisesti, kuin nuori velho olettaa. Arathus ei lähtiessään tiedä, että tehtävä tulee muuttamaan hänen elämänsä pysyvästi, eikä edes virtaus anna anteeksi kaikkea. Varjot seuraavat Arathusta, kunnes vääjäämättä kietovat velhon syleilyynsä.
Varjosielu kertoo Arathuksen matkasta etelään, pois Mioksen tutuista ja turvallisista maisemista. Etelään, jossa Gelendarin syntymän jumala ja paladinit käyvät jatkuvaa taistelua Darkonian kuolemaa ja tummien soturien rivejä vastaan. Varjosielu on tarina itsenäistymisestä, menettämisestä ja vastakohtien kohtaamisesta.