Batman seurasi hiljaa varjoista, miten katala Quincy Sharp jyräsi Gothamin uudeksi pormestariksi Arkhamin parantolan tuhonneen mellakan jälkimainingeissa. Viittaritari hyväksyi hammasta purren myös sen, että kaupungin uusi johto julistaa kaikki poikkeavia asuja kantavat lainsuojattomiksi. Arkham Cityn suunnitelmien tullessa päivänvaloon ei Batman kuitenkaan enää voi pysyä syrjässä.
Arkham City on tiukasti valvottu Gothamin osa, jossa rikolliset ja mielipuolet elävät keskenään, muusta yhteiskunnasta muureilla eristettynä. Mutta ongelmat käynnistyvät jo alkumetreillä, ja maailman parhaan etsivän täytyy soluttautua yksityistettyyn vankilakaupunkiin. Pian vastassa ovat niin Pingviinin ja Kaksinaaman kuin aiemmasta toipuvan Jokerinkin joukot. Jos juonittelevan pormestarin salaisuus ei paljastu, uhkaa kaaos levitä koko Gothamin alueelle.
Arkham City -pelin tapahtumia taustoittavan kirjan ovat luoneet käsikirjoittaja Paul Dini ja kuvittaja Carlos D'Anda. Heidän visionsa maalaa klaustrofobisen kuvan Gothamista arvaamattomien hullujen käsissä.