Naanquin – Terra Incognita alkaa synkässä 1600-luvun Euroopassa. Temppeliveljeskuntaan kuuluva Helmut Kanne pakenee palkkatappajia, jotka etsivät mystistä esinettä nimeltä “Se”. Helmut on viimeinen elossa oleva Salaisuuksien Vartija ja kantaa mukanaan ratkaisevaa tietoa, joka on piilotettu hänen ruumiiseensa. Unen ja todellisuuden rajalla hän joutuu tappajien kiinni ja kuolee, mutta onnistuu varmistamaan, että salaisuus katoaa hänen mukanaan. “Se” osoittautuu vain yhdeksi neljästä avaimesta suurempaan mysteeriin, jonka todellinen luonne jää odottamaan tulevia löytäjiä.
Tarina siirtyy vuoteen 2006 Lontooseen, jossa tavallinen perhe-elämä kätkee alleen jotain poikkeuksellista. Pieni Samuel alkaa nähdä toistuvia, jatkumollisia “unia” vieraasta viidakkomaailmasta, jota asuttavat punasilmäiset demonimaiset olennot ja jättimäiset hyönteiset. Toisin kuin tavallisissa unissa, maailma pysyy muuttumattomana, ja Samuel oppii selviytymään siellä, kartoittamaan aluetta ja kehittämään epätavallisia kykyjä.
Vähitellen käy ilmi, että Samuelin unet eivät ole pelkkää mielikuvitusta, vaan yhteys samaan toiseen todellisuuteen, jossa Helmut taisteli. Poika on tahtomattaan astumassa osaksi ikivanhaa kamppailua, jonka panoksena on sekä ihmiskunnan että kahden maailman tulevaisuus.