Ensimmäisen maailmansodan repimässä Suomessa, puutteen ja levottomuuksien keskellä, sairaanhoitaja Ainon elämä muuttuu, kun hän kohtaa linnoitustyömaalla haavoittuneen kalastaja Einon. Aino seuraa sydäntään Einon mukana saaristoon, jossa ihminen on lumoavan luonnon armoilla. Arvaamaton meri antaa, mutta se myös ottaa.
Historiallisista romaaneistaan tunnetun Pirkko Koskenkylän Salaiset vedet on vaikuttava historiallinen kertomus elämästä saaristossa sodan aiheuttamien yhteiskunnallisten levottomuuksien ja kieltolain aikaan 1910-luvulla. Tarina seuraa nuoren sairaanhoitaja Ainon elämää rakkaudessa, menetyksissä ja selviytymisessä salaisuuksia ja vaaroja kätkevän meren ympäröimänä.