Veljekset Edward ja Alphonse Elric hallitsevat alkemian - taidon, jonka avulla aineita voi muuttaa toisiksi. Etenkin Edward tunnetaan alan nerona, yhtenä valtion virallisista alkemisteista. Hänen tittelinsä on "Fullmetal Alchemist", Teräsalkemisti.
Roy Mustangilla edessään tukala päätös, jolla voi olla kohtalokkaat seuraukset. Tilanne mutkistuu entisestään kun Ed ja Al sotkeutuvat tapahtumiin ja aurinkokin alkaa pimetä...