Veljekset Edward ja Alphonse Elric hallitsevat alkemian taidon, jonka avulla aineita voi muuttaa toisiksi. Etenkin Edward tunnetaan alan nerona, yhtenä valtion virallisista alkemisteista. Hänen tittelinsä on Fullmetal Alchemist , Teräsalkemisti.
Alex Louis Armstrong saattajanaan veljekset etsivät käsiinsä lapsuudenystävänsä Winry Rockbellin saadakseen rikkoutuneet automail-jäsenensä korjattua. Pian he suuntaavat valtion keskuskirjastoon, johon Tim Marcohin tutkimusmuistiinpanot on kätketty. Mutta viisasten kiven salaisuus saattaa olla vielä kammottavampi kuin olennot, jotka sitä vartioivat...