Veljekset Edward ja Alphonse Elric hallitsevat alkemian - taidon, jonka avulla aineita voi muuttaa toisiksi. Etenkin Edward tunnetaan alan nerona, yhtenä valtion virallisista alkemisteista. Hänen tittelinsä on "Fullmetal Alchemist", Teräsalkemisti.
Veljesten viholliset, Lust ja Envy, ovat saaneet Edin vangikseen salaisessa laboratoriossa. Heillä on kuitenkin omat syynsä antaa hänen elää. Automail-käsi on taas rikki, ja Winry hälytetään apuun. Mutta Alphonsen mielessä itää epäilyksen siemen...