Nuori Anna-Sofia asuu suuressa savolaisessa kartanossa yhdessä tiukkaa kuria pitävän Olgan kanssa. Omasta syntyperästään Anna-Sofia ei ole tietoinen, ja kartanon alueella asuu useita muitakin salaperäisiä henkilöitä: latinaa Anna-Sofia oppii munkki Tuomaalta, ja lääkeryrttejä keräävä sokea Kreeta ennustaa lähitienoon tapahtumia.
Kun Anna-Sofia palaa matkoilta, Isojärven kartanolla kuohuu. Kreetan huhutaan olevan noita, ja tämä on saanut niskoilleen kirkkoherran vihan. Anna-Sofia haluaa puolustaa ystäväänsä, mutta joutuu samanaikaisesti kohtaamaan haasteita myös omassa elämässään. Kartanon arki saa jännittävän vivahteen, kun salaperäinen vieras, ruhtinas Anatoli, saapuu visiitille. Anna-Sofia innostuu ruhtinaan hevosista, ja yhteisen kiinnostuksen myötä hän pääsee tutustumaan lähemmin myös itse Anatoliin, jonka huomaavaisuus ja lämpö yllättävät tytön.
Isojärven kartanon tyttö on Anna-Sofian elämästä kertovan historiallisen sarjan ensimmäinen osa.