Itkevät syvät vedet on romaani katkeruuden, pelon ja koston hallitsemattomista voimista - ja rakkaudesta keskellä kansalaissotaa.
Maaliskuussa 1917 vallankumoushuuma leviää Suomen kaupunkeihin ja kyliin. Tammikuussa 1918 maa repeää kahtia. Kun punaiset ottavat Satakunnassa vallan, katoavat miehet pohjoisen rintamalle ja korpiin. Naisten osana on jäädä kohtaamaan viholliseksi muuttunut naapuri kylätiellä.
Myös Huovin sahan rauha järkkyy. Heikki Huovista, huolettomasta ylioppilaasta tulee suojeluskuntalainen, sahuri Joel Knaapi etsii puolestaan parempaa maailmaa punalippujen alla. Nuori Linda Huovi häälyy vihollisleirien välillä. Näinä raskaina kuukausina Linda kokee rakkauden, sen kevään ja sydäntalven.