Kirkkosiilit messussa - Kadonneen ehtoollispikarin arvoitus on itsenäinen jatko-osa Kirkkosiilit jumalanpalveluksessa -teokselle.
Tapahtumat sijoittuvat Tuusulan Hyrylän tunnelmalliseen puukirkkoon ja kirkkopuistoon.
Siilinpoikanen Veikko on tavannut oppineen kirkonrotta Aurelius Rottaeuksen, joka on ottanut tehtäväkseen opettaa Veikolle mitä kaikkea kirkossa tapahtuukaan.
Nyt on vuorossa messu ja ehtoollinen. Aurelius selittää Veikolle ehtoollisen merkitystä hauskan "salapoliisitarinan" kehystämänä.
Kirjassa seikkailevat myös kirkonnaakka rouva Kirkk Hakkinen puolisonsa herra EiNo Hakkisen kanssa.