Työterveyshuollon toiminnan laatua ja vaikuttavuutta on seurattava. Jokaisessa työterveysyksikössä pitää olla hyvää työterveyshuoltokäytäntöä noudattava kirjallinen yksikkökohtainen laatujärjestelmä, joka kuvaa yksikön koko toiminnan: johtamisen, henkilöstön, tukitoiminnot, verkostoyhteistyön ja työterveyshuollon palvelurakenteen.
Kun rakennetaan laatujärjestelmää, toiminta kuvataan prosesseina. Niiden avulla saadaan arkikäytännöt näkyviksi. Laadun johtaminen ja mittaaminen rakentuu prosessien toimivuuden, asiakasarviointien, oman henkilöstön tyytyväisyyden ja taloudellisten tulosten kautta.
Työterveysyksikkö sitoutuu laatujärjestelmän rakennettuaan toiminnassaan laadun jatkuvaan kehittämiseen. Lisäksi käytössä olevan laatujärjestelmän on noudatettava hyvän työterveyshuoltokäytännön periaatteita ja lainsäädännön vaatimuksia.