Amu Hinamorilla on koulussaan viileän koviksen maine. Tämä on kuitenkin vain pintaa - pohjimmiltaan Amu on herkkä tyttö, joka ei tahtoisi olla roolinsa vanki. Eräänä aamuna hän löytää viereltään kolme värikästä, kananmunan kaltaista esinettä. Niistä kuoriutuu pieniä Shugo Charoja, suojelushahmoja, jotka sekoittavat Amun elämän ja roolit lopullisesti...
Amu on suurten kysymysten ja vastausten äärellä matkatessaan Ruudun opastamana halki tähtien. Hän löytää Shugo-munien syntysijat ja tapaa samalla vieraita menneisyydestä. Eräillä on vielä opittavaa rakkaudesta, ja myös Amulla on selvitettävänä se, mitä hän tuntee ja ketä kohtaan.