Från och med mitten av 1930-talet kastar det kommande kriget redan sin skugga över Europa. Just vid denna tid bildar den unge styrmannen Sten Andersson och hans fästmö Inga Lisa familj i Mariehamn på Åland.
Kriget bryter ut och en mörk augustinatt 1942 går Stens fartyg på mina utanför Rügen och Sten omkommer. Nu får Inga Lisa ensam ansvaret för sina två små barn. Med envishet och seghet klarar hon det men kanske till priset av sin egen hälsa och lycka.
Stad i skugga är tredje delen av Sten-Erik Abrahamssons trilogi om en sjömanssläkt i Mariehamn. I Där fanns en stad (1987) avspeglas livet i en sjömans- och formansfamilj i den nyss grundade staden och i Stadens döttrar (2003) är fokus riktat på tre starka kvinnor i följande generation. Den mellersta dottern Ada gifter sig med en ung sjökapten. Hon blir mor till tre döttrar och till Sten. Hon får uppleva sitt andra världskrig och förlusten av sin älskade son. Stad i skugga skildrar hur tre generationer i en vanlig sjömansfamilj lever i krigets skugga, som sträcker sig långt in i efterkrigstiden. Sorg och förtvivlan drabbar, men skildringen präglas också av kämpaglöd och humor.