Vajoava Ateneum kertoo Ateneum-rakennuksen vaihtoehtoisen historian. Taideteollisen korkeakoulun sarjakuvataiteen laitoksen opiskelijoista ja opettajista vuosina 1979-82 kertova muistelmateos tasapainoilee toden ja sepitteen rajalla. Voi nimittäin olla, ettei kaikki mennyt aivan kuten kirjassa kerrotaan. Vai menikö sittenkin?
Samalla kun sarjakuvataiteen laitoksen neljännen vuosikurssin opiskelijan Riittamaari Malvan epäilykset valitsemastaan suunnasta kasvavat, alkaa öisessä Ateneumissa tapahtumasarja, jonka jälkeen paluuta entiseen ei ole. Mitä Nanette Exström toimittaa Ruotsin suurlähetystössä? Entä mikä lopulta on Aleksei Tsitsinin rooli tulevissa mullistuksissa? Kirjasarjan toisessa osassa raotetaan verhoa suomalaisen sarjakuvan suurimpien mysteerien edestä.