Eletään sotien jälkeistä jälleenrakennuksen aikaa, kun Seppo ja Selja Suomaa rakentavat kodin salmen rantaan Nevalahdella Keski-Suomessa. Sepon rankat sotakokemukset vierailevat välillä unissa, mutta Seljan ilo ja tarmokkuus sekä lapset Artturi ja Aapo ovat parasta vastalääkettä traumoihin. Vastarannan tehtaalla riittää töitä ja tulevaisuus näyttää valoisalta. Paikalliset kuitenkin varoittelevat, että salmessa ei ole kaikki kunnossa. Moni on hukkunut siihen vuosisatojen saatossa ja kalastajat kertovat ahvenista, joilla on iho kuin ihmisellä. Suomaat kuittaavat puheet pienen kylän legendoina.
Vuosia myöhemmin pojanpoika Simeon Suomaa löytää isoisänsä Sepon kuolleena talon rantavedestä. Virallinen kuolinsyy on sydänkohtaus, mutta Simeonin mieleen nousevat lapsuuden pahaenteiset iltasadut ja varoitukset salmesta. Onko perhettä piinaavan epäonnen takana jokin vedessä asuva paha? Sekö selittää myös Simeonin mielessä aina eläneen oudon synkkyyden. Pian edessä on seuraava takaisku, kun lama vie Artturi-isältä työt ja tämä alkaa hävitä päiväkausiksi sekaville reissuilleen. Simeon päättää selvittää salmen mysteerin lopullisesti, ennen kuin hän menettää myös isän.
Vedenperkele on tarina elämän käännekohdista, arjen pakahduttavasta onnesta ja mielen synkistä syvyyksistä; sukupolvilta toisille siirtyvien tarujen myyttisistä olennoista, jotka voivat ulottaa lonkeronsa jopa modernin maailman keskelle ja tuhota kaiken hyvän, jos ei taistele vastaan.