Mary Lennox on 10-vuotias englantilaistyttö, joka on kasvanut Intiassa. Kun Maryn vanhemmat kuolevat koleraan, hänet lähetetään Englantiin Yorkshireen setänsä Archibaldiin luokse.
Setä asuu pelottavassa, satoja vuosia vanhassa talossa. Talon pihalla on kuitenkin puutarha, joka on ollut lukittuna Archibaldin vaimon kuolemasta lähtien.
Eräänä päivänä Mary löytää avaimen puutarhaan - ja samalla hänelle aukeaa uusi, ihmeellinen maailma.
"Salainen puutarha" on Frances Hodgson Burnettin taianomainen ja symbolistinen lastenromaani vuodelta 1911. Romaanista on tehty myös palkintoja kahminut elokuva vuonna vuonna 1993.